Datasets:

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MIGRLRGIIIEKQPPLVLIEVGGVGYEVHMPMTCFYELPEAGQEAIVFTHFVVREDAQLLYGFNNKQERTLFKELIKTNGVGPKLALAILSGMSAQQFVNAVEREEVGALVKLPGIGKKTAERLIVEMKDRFKGLHGDLFTPAADLVLTSPASPATDDAEQEAVARLVALGYKPQEASRMVSKIARPDASSETLIREALRAAL	CCCEEEEEEEEEECCEEEEEECCEEEEEECCHHHHCCCCCCCCEEEEEEEEEEECCEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCC	203	203	train	Q3
YNEQYVNKLENFKIRETQGNNGWCAGYTMSALLNATYNTNKYHAEAVMRFLHPNLQGQQFQFTGLTPREMIYFGQTQGRSPQLLNRMTTYNEVDNLTKNNKGIAILGSRVESRNGMHAGHAMAVVGNAKLNNGQEVIIIWNPWDNGFMTQDAKNNVIPVSNGDHYQWYSSIYGY	CCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCCHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCECCECCEEEEEEEEEEEECCCCEEEEEECCCCCCCEEEECCCCEEECCCCCEEEEEEEEECC	174	174	train	Q3
SVTVQQPQLTLTAAVIGDGAPANGKTAITVEFTVADFEGKPLAGQEVVITTNNGALPNKITEKTDANGVARIALTNTTDGVTVVTAEVEGQRQSVDTHFVKGTIAADKSTLAAVPTSIIADGLMASTITLELKDTYGDPQAGANVAFDTTLGNMGVITDHNDGTYSAPLTSTTLGVATVTVKVDGAAFSVPSVTVNFTADPIPDAGRSSFTVSTPDILADGTMSSTLSFVPVDKNGHFISGMQGLSFTQNGVPVSISPITEQPDSYTATVVGNSVGDVTITPQVDTLILSTLQKKISLFPVPTLTGILVNGQNFATDKGF...	CCCCCCCCCEEEEEEECCCEECCCCCCEEEEEEEECCCCCECCCCEEEEECCCCCECCEEEEECCCCCEEEEEEECCCCEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECCCECHHHCEEEEECCEEECCCCCCEEEEEECEECCCCECCCCCEEEEECCCEECCCEECCCCEEEEEEECCCCEEEEEEEEECCEEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCEEEECCCEEECCCCCCEEEEEECECCCCCECCCCCCEEEEEEECCCEECCCEECCCCEEEEEECCCCEEEEEEEEECCEECHHHCEEEEEECCCCEEEEEECCEEECCCCCC...	492	492	train	Q3
WSLLEQLGLAGADLAAPGVQQQLELERERLRREIRKELKLKEGAENLRRATTDLGRSLGPVELLLRGSSRRLDLLHQQLQELHAHV	CCHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC	86	86	train	Q3
MDAKARNCLLQHREALEKDIKTSYIMDHMISDGFLTISEEEKVRNEPTQQQRAAMLIKMILKKDNDSYVSFYNALLHEGYKDLAALLHDGIPVVSSS	CCHHHHHHHHHCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCC	97	97	train	Q3
THALEPSKPLAHDEKPITIEVVSMDWKWFFIYPEQGIATVNEIAFPANTPVYFKVTSNSVMNSFFIPRLGSQIYAMAGMQTRLHLIANEPGTYDGISASYSGPGFSGMKFKAIATPDRAAFDQWVAKAKQSPNTMSDMAAFEKLAAPSEYNQVEYFSNVKPDLFADVINKFMAHGKSMDMTQPEGEHSAHEGMEGMDMSHAESAH	CCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEECCEEEEEECCCCEEEECEEEEECCCEEEEEEEECCCCEEEEEHHHCEEEEEECCECEEEEEECCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHCCCCCECCHHHHHHHHCCCCCCCCEEECCECCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC	205	205	train	Q3
MGKSELSGRLNWQALAGLKASGAEQNLYNVFNAVFEGTKYVLYEKPKHLKNLYAQVVLPDDVIKEIFNPLIDLSTTQWGVSPAFAIENTETHKILFGEIKRQDGWVEGKDPSAGRGNAHERSCKLFTPGLLKAYRTIGGINDEEILPFWVVFEGDITRDPKRVREITFWYDHYQDNYFMWRPNESGEKLVQHFNEKLKKYLD	CCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEEEEECCCCCCCCCHHHHCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEECHHHHCHHHHHHHHHHHCCCHHHEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC	202	202	train	Q3
YNRLCIKPRDWIDECDSNEGGERAYFRNGKGGCDSFWICPEDHTGADYYSSYRDCFNACI	CCHHHCCCCCCCCCCCHHHCCEEEEEECCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHC	60	60	train	Q3
MGHRIPEETIEAIRRGVDIVDVIGEYVQLKRQGRNYFGLCPFHGEKTPSFSVSPEKQIFHCFGCGAGGNAFTFLMDIEGIPFVEAAKRLAAKAGVDLSVYELD	CCCCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCCCCEEECCEEEECCCCCCCCCCCEEEECCCCEEEECCCCCEECHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCC	103	103	train	Q3
MRGSHHHHHHGSTMDIKPAFGTNQEDYASYIMNGIIKWGDPVTRVLDDGELLVQQTKNSDRTPLVSVLLEGPPHSGKTALAAKIAEESNFPFIKICSPDKMIGFSETAKCQAMKKIFDDAYKSQLSCVVVDDIERLLDYVPIGPRFSNLVLQALLVLLKKAPPQGRKLLIIGTTSRKDVLQEMEMLNAFSTTIHVPNIATGEQLLEALELLGNFKDKERTTIAQQVKGKKVWIGIKKLLMLIEMSLQMDPEYRVRKFLALLREEGASPLDFK	CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCHHHHCCCECCCCECCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEEEECCHHHHHHCCCCCCCCEEEECCCEEEHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEECHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC	272	272	train	Q3
ETTSSIGEKVWDDKDNQDGKRPEKVSVNLLANGEKVKTLDVTSETNWKYEFKDLPKYDEGKKIEYTVTEDHVKDYTTDINGTTITNKYTPGETSATVTKNWDDNNNQDGKRPTEIKVELYQDGKATGKTAILNESNNWTHTWTGLDEKAKGQQVKYTVEELTKVKGYTTHVDNNDMGNLITTNKYTP	CEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCEEEEEEEECCEEEEEEEEEHHHCCEEEEEEEECEECCEECCEEEEECCCCCEEEEEECCEEEEEECCCEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEECCEEEEEEEEECHHHCCEEEEEEEECEECCEECCEEEEECCCCCCEEEEEECCCCCCEEEEEEECC	187	187	train	Q3
PPAVHLSNGPGQEPIAVMTFDLTKITKTSSSFEVRTWDPEGVIFYGDTNPKDDWFMLGLRDGRPEIQLHNHWAQLTVGAGPRLDDGRWHQVEVKMEGDSVLLEVDGEEVLRLRQVSGHPIMRIALGGLLFPASNLRLPLVPALDGCLRRDSWLDKQAEISASAPTSLRSC	CCEEECCCCCCCCCCEEEEEEHHHCCCCEEEEEEEECCCCEEEEEEEEECCCEEEEEEEECCEEEEEEECCCCEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEEECCEEEEEECCEEEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCCHHHCCCCCCCCCCEEEEEEEECCHHHEEEEECCCCCCEC	170	170	train	Q3
LALVATGNDTTTKPDLYYLKNSEAINSLALLPPPPAVGSIAFLNDQAMYEQGRLLRNTERGKLAAEDANLSSGGVANAFSGAFGSPITEKDAPALHKLLTNMIEDAGDLATRSAKDHYMRIRPFAFYGVSTCNTTEQDKLSKNGSYPSGHTSIGWATALVLAEINPQRQNEILKRGYELGQSRVICGYHWQSDVDAARVVGSAVVATLHTNPAFQQQLQKAKAEFAQHQKK	CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC	231	231	train	Q3
LSSKYSRNTELRRVEDNDIYRLAKILDENSCWRKLMSIIPKGMDVQACSGAGCLNFPAEIKKGFKYTAQDVFQIDEAANRLPPDQSKSQMMIDEWKTSGKLNERPTVGVLLQLLVQAELFSAADFVALDFLNESTPARPVDGPGALISLELLE	CCCCCCCCCEHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCECCCCHHHHHCCCCCCHHHHHHHCECCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC	153	153	train	Q3
MTVGKSSKMLQHIDYRMRCILQDGRIFIGTFKAFDKHMNLILCDCDEFRKIKPKNSKQAEREEKRVLGLVLLRGENLVSMTVEGPPPKDTG	CCCCCCCCCHHHCCCEEEEEECCCCEEEEEEEECCCCCCEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEEEEEEECHHHEEEEEEEECCCCCCC	91	91	train	Q3
MSIGVPIKVLHEAEGHIVTCETNTGEVYRGKLIEAEDNMNCQMSNITVTYRDGRVAQLEQVYIRGCKIRFLILPD	CCCCCHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCEEEEEEEEECCCCCEEEEEEEEECCCCCEEEEEEEEECHHHEEEEECCC	75	75	train	Q3
TVNQAKIFAQTTKMLEFAKQLLETDDFSTLREAYYVSKNWGEARFDDQQASNNVIEDLEAALGVLREHLGFIPEEDGSSVVGPLKIIEETPEGELVVDCTKLGTGAYNIPNDVTKLNLETDADFILAIETSGMFARLNAERFWDKHNCILVSLKGVPARATRRFIKRLHEEHDLPVLVFTDGDPYGYLNIYRTLKVGSGKAIHLADKLSIPAARLIGVTPQDIIDYDLPTHPLKEQDIKRIKDGLKNDDFVRSFPEWQKALKQMLDMGVRAEQQSLAKYGLKYVVNTYLPEKIKDESTWLP	CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEHHHHHHHHHHCHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCEECCCCCCEEECCCEEEEEECCEEEEEECCCCCCCCEECCCCCCCCEEECCCCEEEEECCHHHHHHHHHCCHHHHCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCECHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCHHHHHHCCCCCEECCHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCEEECHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCHHHCCC	301	301	train	Q3

End of preview. Expand in Data Studio

NetSurfP-3.0 Secondary-Structure Splits

This dataset repo contains NetSurfP-derived protein secondary-structure labels converted for Protein-I-JEPA probe training and evaluation.

Source page: https://services.healthtech.dtu.dk/services/NetSurfP-3.0/5-Dataset.php

Profile: hhblits

Labels are Q3 per-residue labels:

H: helix
E: beta strand
C: coil/other
.: ignored residue for loss and accuracy

Splits

Split	Rows	JSONL	TSV
`train`	10348	`train.jsonl`	`tsv/train.tsv`
`validation`	500	`validation.jsonl`	`tsv/validation.tsv`
`cb513`	513	`cb513.jsonl`	`tsv/cb513.tsv`
`ts115`	115	`ts115.jsonl`	`tsv/ts115.tsv`
`casp12`	21	`casp12.jsonl`	`tsv/casp12.tsv`

Recommended use:

train: train the supervised probe.
validation: tune probe settings.
cb513, ts115, casp12, and optional casp14_fm: final external tests.

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