profiles renamed
import numpy as np
alphabets = {
- "nuc": np.array(['A', 'C', 'G', 'T']),
- "nuc_gap": np.array(['A', 'C', 'G', 'T', '-']),
+ "nuc": np.array(['A', 'C', 'G', 'T', '-']),
+
+ "nuc_simplified":np.array(['A', 'C', 'G', 'T']),
+
"aa": np.array(['A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K',
'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V',
'W', 'Y', '*', '-']),
+
"aa_simplified": np.array(['A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K',
'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V',
- 'W', 'Y'])}
+ 'W', 'Y'])
+ }
profile_maps = {
'nuc':{
