[temporarily] remove ancestral location inference
@@ -253,7 +253,7 @@ rule export:
branch_lengths = rules.refine.output.node_data,
nt_muts = rules.ancestral.output.node_data,
aa_muts = rules.translate.output.node_data,
- traits = rules.traits.output.node_data,
+ # traits = rules.traits.output.node_data,
auspice_config = files.auspice_config,
colors = rules.colors.output.colors,
lat_longs = files.lat_longs,
@@ -265,7 +265,7 @@ rule export:
augur export v2 \
--tree {input.tree} \
--metadata {input.metadata} \
- --node-data {input.branch_lengths} {input.nt_muts} {input.aa_muts} {input.traits} \
+ --node-data {input.branch_lengths} {input.nt_muts} {input.aa_muts} \
--auspice-config {input.auspice_config} \
--colors {input.colors} \
--lat-longs {input.lat_longs} \
@@ -281,7 +281,7 @@ rule export_gisaid:
branch_lengths = rules.refine.output.node_data,
nt_muts = rules.ancestral.output.node_data,
aa_muts = rules.translate.output.node_data,
- traits = rules.traits.output.node_data,
+ # traits = rules.traits.output.node_data,
auspice_config = files.auspice_config_gisaid,
colors = rules.colors.output.colors,
lat_longs = files.lat_longs,
@@ -293,7 +293,7 @@ rule export_gisaid:
augur export v2 \
--tree {input.tree} \
--metadata {input.metadata} \
- --node-data {input.branch_lengths} {input.nt_muts} {input.aa_muts} {input.traits} \
+ --node-data {input.branch_lengths} {input.nt_muts} {input.aa_muts} \
--auspice-config {input.auspice_config} \
--colors {input.colors} \
--lat-longs {input.lat_longs} \
@@ -309,7 +309,7 @@ rule export_zh:
branch_lengths = rules.refine.output.node_data,
nt_muts = rules.ancestral.output.node_data,
aa_muts = rules.translate.output.node_data,
- traits = rules.traits.output.node_data,
+ # traits = rules.traits.output.node_data,
auspice_config = files.auspice_config_zh,
colors = rules.colors.output.colors,
lat_longs = files.lat_longs,
@@ -321,7 +321,7 @@ rule export_zh:
augur export v2 \
--tree {input.tree} \
--metadata {input.metadata} \
- --node-data {input.branch_lengths} {input.nt_muts} {input.aa_muts} {input.traits} \
+ --node-data {input.branch_lengths} {input.nt_muts} {input.aa_muts} \
--auspice-config {input.auspice_config} \
--colors {input.colors} \
--lat-longs {input.lat_longs} \
